文章目录
[+]
BiocManager::install("GEOquery",ask = F,update = F) #下载包library(GEOquery)# 加载包GSE_set <- getGEO('GSE11121', destdir=".", AnnotGPL = F, # 注释文件 getGPL = F) # 平台文件length(GSE_set)# 查看数据集用了几个平台，一样平常是一个expression_matrix <- exprs(GSE_set[[1]]) # 提取表达矩阵clinical_matrix <- pData(GSE_set[[1]])# 提取临床信息save(expression_matrix,clinical_matrix,file = 'output.Rdata') # 保存数据，方便往后剖析
如下图，是提取特定指标后的临床信息
（图片来自网络侵删）
