小云一贯在说“肿瘤微环境TME”基本霸占了肿瘤干系生信剖析的大半壁江山，有各种生信热点输出，又有免疫浸润等TME干系剖析内容加持，以是也就有了“打开一篇生信文章，80%的可能有TME干系内容”的画面~ ~
小云前面刚分享了一个TME中“血管天生”的生信思路（ps：感兴趣的朋友可以点击文末链接不雅观看哦），这次再关注一个你绝对听过的方向“ECM”~ ~
做肿瘤干系研究的朋友该当都知道这个点，该当也在各种综述和实验类文章中看到它的身影，也是一个经典研究方向了
但小云的出发点跟大家可能不太一样，对付生信剖析来说，ECM算是一个新方向（ps：就像最近火爆的阿兹夫定片一样，之前治疗HIV现在拿来治新冠，药物能重新定位，经典方向也能旧貌换新颜），从实验类到生信剖析，ECM必将抖擞新的活气！
下面就以一篇8分+的ECM联合T细胞做肿瘤分型+预后模型的文章，给朋友展示一下两个TME热点联合的威力！
文章题目：赞助性T细胞在乳腺癌细胞外基质特性中的调节浸染
揭橥杂志：Front. Immunol.
影响因子：8.786
揭橥韶光：2022年9月
研究背景
肿瘤的特色是细胞外基质(ECM)重塑和硬化。ECM被认为是乳腺癌进展和预后的主要决定成分。研究表明，在多种肿瘤类型中，ECM重塑和免疫细胞浸润之间存在密切联系。然而，乳腺癌中细ECM和免疫微环境之间的景不雅观和详细调控机制尚未完备理解。
数据来源
紧张结果
1. 乳腺癌细胞外基质干系表型的鉴定
根据328个ECM干系基因的表达谱在TCGA行列步队中进行共识聚类剖析，共分为2个ECM亚型（图1A），通过KM生存曲线剖析两组间的预后差异（图1B）。剖析2个亚型间的差异基因，并DEGs进行GO和KEGG富集剖析，创造显著富集于T细胞干系功能和通路（图1D, E）。
图1 ECM亚型鉴定
2. ECM亚型间的免疫浸润剖析和验证
运用ssGSEA算法来丈量来自TCGA数据库的乳腺癌患者中23种免疫细胞的相对含量（图2A），创造Th、Treg细胞比例在两亚型间有显著差异（图2B-E）。为了验证ECM和Th细胞浸润之间的干系性，网络了统共30个乳腺癌组织样品，运用Masson染色和天狼星红染色来确定乳腺癌组织样本中的胶原含量（图3A）。根据胶原含量，将30例患者分为高/低胶原含量组，KM生存曲线剖析两组的DFS预后（图3B），并通过免疫荧光（IF）剖析两组间的Th细胞丰度（图3C-J）。
图2 免疫浸润剖析
图3 ECM与Th细胞浸润的验证
3. 二次聚类和ECM预后模型的建立与验证
对两个ECM亚型之间的DEGs进行单变量COX回归剖析，提取预后干系DEGs再次进行同等性聚类，将乳腺癌患者分类为三个基因簇（图4B），KM曲线剖析3个基因簇间的OS预后（图4D）。
将预后ECM干系DEGs用于LASSO Cox回归剖析，建立了基于10个核心预后基因的ECM干系预后模型。根据风险分值的中值分为两个风险组，KM曲线剖析两组间的OS预后（图4A），并通过ROC曲线评估其预测性能（图4C）。剖析了风险评分与不同ECM聚类或基因簇之间的联系（图4E, F），末了构建了一个包含风险评分和临床参数的列线图以评估患者1年、3年和5年的生存概率（图4G）。
图4 ECM预后模型的建立与验证
4. ECM预后模型与免疫浸润、肿瘤突变负荷和药物敏感性的干系性剖析
运用CIBERSORT算法来打算15种免疫细胞的相对丰度（图5A），剖析CD8+ T 细胞、naïve B细胞与风险评分的干系性（图5B, C）。利用估计算法打算两风险组间患者的基质评分、免疫评分和估计评分（图5F-H）。剖析风险评分与TMB的干系性（图5J），基于GDSC数据库剖析不同风险组间的药敏性（图5D）。
图5 风险评分与免疫浸润和TMB、药敏性的干系性
文章小结
文章利用ECM干系基因进行肿瘤分型、二次聚类剖析并构建预后模型，免疫浸润剖析中又与T细胞挂钩并通过实验验证了ECM与Th 细胞浸润的关系。TME两大热点联合，剖析思路有所创新，内容充足还有湿实验，8分+那还不直接得手？小云已经整理好了文中的ECM基因集，用上这个思路，换个癌种或者换个免疫细胞类型（比如Treg、巨噬细胞等）就可以复现啦！
想理解更多生信思路请持续关注小云哦，更多生信思路请点击链接。风里雨里小云等你！
1. 8分+血管天生肿瘤分型+预后模型生信模板思路，背靠TME热点，发文空间大，易复现！
2. 肿瘤免疫仍是高分生信必杀技！
肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)常规预后模型剖析即可轻松拿下8分+，YYDS！
3. 免疫细胞干系生信又一猛将涌现，NK细胞预后模型构建，分分钟搞定8分+文章，拼手速的时候到了！
4. 112分Nature综述加持的“TRP通道”干系生信文章频发！
！
8分+模板思路送上，附带TRP通道基因集，直接拿去复现！
5. 别再只盯着铜去世亡了！
超赞的“铜代谢”8分+生信思路来袭，附带“铜代谢”基因集，换个癌种/非肿瘤疾病即可轻松复现！
！
