phpalign技巧_实用教程运用PyMOL的Align进行蛋白结构叠合比对

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align首先实行序列比对，然后进行构造叠加，进行多次迭代以便进行微调，在蛋白序列相似性大于30%的时候可以达到良好的效果。

用场

phpalign技巧_实用教程运用PyMOL的Align进行蛋白结构叠合比对

Align常常在构造生物学以及虚拟筛选中利用，当对不同的蛋白构造并对其进行比较时，我们就可以利用align比较蛋白构造，查看两者之间的差异，这个构造上的差异有一个量化的指标便是RMSD。
它的观点和打算办法，都会不才面列出。
目前，pymo是一个很盛行的三维蛋白构造显示工具。
本次的目的是，利用pymol对蛋白构造进行align，结果可以通过肉眼不雅观测或者RMSD进行量化。

（图片来自网络侵删）

用法

align mobile, target [, cutoff [, cycles [, gap [, extend [, max_gap [, object [, matrix [, mobile_state [, target_state [, quiet [, max_skip [, transform [, reset ]]]]]]]]]]]]]

阐明：

mobile =字符串：须要移动的工具名 target =字符串：目标的工具名 cutoff = 浮点数：截断值，默认2.0 cycles =整数：最大循环数，默认5 gap, extend, max_gap: 序列比拟参数 object = 字符串：创建的一个比较工具名，默认无 matrix = 字符串: 序列比对的更换矩阵的文件名，默认BLOSUM62 mobile_state =整数: 移动选择的工具状态，默认全状态 target_state = 整数：目标选择的工具状态，默认全状态 transform = 0/1: 是否做叠加，默认1

Alignment Objects

可以利用object = somename参数创建align工具。
align工具可以：

（1）比拟序列查看器

（2）比拟原子对结果展示3D查看器中的线条

（3）可以保存到clustalw序列比对文件

RMSD

单位是埃 RMSD,root-mean-square deviation，也便是均方根偏差。
原子位置的均方根偏差是叠加蛋白质的原子（常日是骨架原子）之间的均匀间隔的量度。
把稳，RMSD打算可以运用于其他非蛋白质分子，如小的有机分子。
在球状蛋白质构象的研究中，常日在刚体进行完叠加后通过打算Cα原子坐标之间的RMSD来表征三维构造的相似性。

等式：

个中δi是原子i与参考原子之间的间隔。
打算时常日只打算为骨架重原子C，N，O和Cα或有时仅打算Cα原子。
例如给出两套原子坐标，v和w，打算他们的RMSD便是，如下：

常日，RMSD用作两种或更多种蛋白质构造之间相似性的定量丈量，常日越低越好。

Examples

#获取蛋白

fetch 1oky 1t46

#比较这两个构造

align 1oky, 1t46

# 比较这两个构造，比较比较工具命名为：alnobj，并且将alnobj保存为clustalw 文件,文件名为alignment.aln

align 1oky, 1t46, object=alnobj

save alignment.aln, alnobj

结果